Сериал Dark Horse по «Звездным войнам» когда-то рассказывал о том, как сепаратисты завоевывают собственную армию клонов, и подчеркивает, что они должны были ее сохранить.
Бесчисленное количество раз было доказано, что хотя Армия дроидов Сепаратистов имеет численное преимущество, Армия клонов Галактической Республики превзошла своих врагов-дроидов во всех остальных отношениях. Настолько, что многие поклонники «Звездных войн», вероятно, задавались вопросом, почему сепаратисты не попытались создать собственную армию клонов. Однако в Star Wars: Republic от Dark Horse Comicв комиксе выяснилось, что граф Дуку действительно пытался создать армию клонов сепаратистов. Но если это так, то почему эта армия не появилась в телесериале Звёздные войны: Войны клонов?
Эта вышеупомянутая армия клонов сепаратистов была задумана графом Дуку после неудачной попытки украсть ДНК главного клона Республики в Звёздные войны: сезон Войн клонов2. Но вместо того, чтобы копировать солдат-клонов Республики, Сепаратистский Альянс использовал ДНК моргукайского солдата, известного как Бок, воина, обученного убивать пользователей силы. Таким образом, Армия теней Моргукаев начала тайно развиваться, и люди со всей Галактики были набраны, чтобы помочь в обучении новых воинов-клонов и сохранить проект в секрете.